L’intégration est unique au lycée franco-allemand et est partie intégrante de sa constitution. Elle doit d’un côté apporter à l’élève la multiplicité et la richesse de la culture du pays partenaire et d’un autre côté renforcer pendant les cours et en dehors des cours les liens avec des élèves et des professeurs de l’autre pays.

L’espace réorganisé pour l’intégration :

 l’emploi du temps des classes : par exemple un quota d’heures élevé en langue du partenaire.

 Le programme des différentes matières contenant la littérature , l’histoire et la civilisation du pays partenaire prend une place particulièrement importante.

 Les cours intégrés où les classes ou groupe de classe d’élèves français et allemands apprennent et travaillent ensemble.

Ce travail en commun dans des groupes intégrés commence dans les classes de 6ème et 5ème avec les cours en groupe d’élève franco-allemand en art plastique, en musique et en sport. Il se poursuit dans les classes de 4ème et de 3ème en histoire en géographie en géologie et en anglais.

Dans le secondaire tous les cours sauf les cours de langue du partenaire et maternelle et les cours de religion sont intégrés. L’idéal à atteindre pour toute les classes ou groupe de classe est une répartition équilibrée d’élèves de section allemande et de section française recevant la moitié des cours de leur emploi du temps en allemand par un professeur de langue allemande et l’autre moitié en français par un professeur de langue française. La langue dans une matière donnée est (sauf en SMP) la même dans tout le second cycle et jusqu’au baccalauréat. En ceci le choix des matières stipulées pour le baccalauréat garantissent l’équilibre entre le quota d’heures enseigné en allemand et celui enseigné en français.

Cette forme de cours intégré sous entend qu’un élève arrivant en seconde maîtrise suffisamment la langue du partenaire pour pouvoir suivre les cours dans cette langue. Pour faciliter le passage dans le second cycle intégré, les cours de biologie et de sciences humaines dans la classe 3ème sont enseignés dans la langue du partenaire.